1920 kaufte sie ein Grundstück in Arlesheim und eröffnete im nächsten Jahr ihre eigene Klinik: das Klinisch-Therapeutische Institut. Dem Institut, das in den nächsten Jahren als erstes Zentrum für Anthroposophische Medizin stetig gewachsen ist, schlossen sich weitere Ärzte an.
Anschließend gründete sie in Arlesheim ein therapeutisches Heim für geistig behinderte Kinder: das Haus Sonnenhof. Etwa zur gleichen Zeit gründete sie zusammen mit Rudolf Steiner und Oskar Schmiedel die Grundlagen der Anthroposophischen Medizin und die Firma Weleda.
Um 1923 bat Rudolf Steiner Wegman, dem Vorstand der neu reformierten Anthroposophischen Gesellschaft am Goetheanum in Dornach beizutreten. Außerdem wurde sie Leiterin der medizinischen Abteilung des Forschungszentrums am Goetheanum.